Occorre considerare il differente  grado di persistenza delle sostanze attive che risulta:

I problemi tossicologici posti dai residui dei disinfettanti sono quasi trascurabili ad eccezione di quelli legati all’eccessivo passaggio di iodio dalle superfici agli alimenti.

Di grande importanza sono quelli per le trasformazioni alimentari fondate sull’impiego di batteri lattici (caseari, insaccati,...) e quelli di tipo organolettico. E’quindi fondamentale un accurato risciacquo degli impianti dopo la disinfezione al fine di ridurre al minimo il rischio di permanenza di residui.

I rischi maggiori in tal senso si possono avere negli impianti C.I.P. ove può residuare principio attivo con un coefficiente di rischio variabile da un principio attivo all’altro.

Alcuni disinfettanti si caratterizzano per un elevato margine di sicurezza: la concentrazione di cloroattivi e di iodofori in grado di inibire i fermenti lattici e di causare problemi organolettici è significativamente diversa dalla concentrazione di impiego del disinfettante a significare che potranno comparire effetti indesiderati solo se la superficie non è stata assolutamente risciacquata. Nel caso di altri disinfettanti basta invece un residuo modesto di principio attivo per causare modificazioni indesiderate: questo fenomeno è massimo  per i sali quaternari e, in misura minore, per l’acido peracetico.